Licencias médicas rechazadas
Suprema valida descuentos en remuneraciones de funcionaria por licencias médicas rechazadas
La Corte Suprema confirmó la sentencia de la Corte de Apelaciones de Iquique que rechazó un recurso de protección interpuesto por una funcionaria de atención primaria de salud en contra de la Corporación Municipal de Desarrollo Social de Iquique, por descuentos efectuados en sus remuneraciones a…
La Corte Suprema confirmó la sentencia de la Corte de Apelaciones de Iquique que rechazó un recurso de protección interpuesto por una funcionaria de atención primaria de salud en contra de la Corporación Municipal de Desarrollo Social de Iquique, por descuentos efectuados en sus remuneraciones a raíz del rechazo de licencias médicas.
La recurrente, técnico de nivel superior en enfermería del CESFAM Sur de Iquique y regida por el Estatuto de Atención Primaria de Salud Municipal, cuestionó descuentos practicados en sus remuneraciones correspondientes a diciembre de 2025 y enero de 2026.
Sostuvo que durante 2023 y 2024 hizo uso de diversas licencias médicas otorgadas por sus médicos tratantes debido a procesos postoperatorios y a un cuadro de depresión severa.
Explicó que en mayo de 2023 se sometió a una intervención quirúrgica en Santa Cruz de la Sierra, Bolivia, tras la cual presentó complicaciones infecciosas que requirieron nuevas intervenciones. Posteriormente, afirmó, su estado evolucionó hacia una depresión severa, que motivó una hospitalización psiquiátrica en febrero de 2024 y tratamiento farmacológico con reposo ambulatorio.
La Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) rechazó las licencias médicas por incumplimiento del reposo. La funcionaria alegó, sin embargo, que esos pronunciamientos fueron emitidos fuera del plazo establecido en el Decreto Supremo N°3 del Ministerio de Salud y que, por ello, habría operado el silencio administrativo positivo contemplado en esa normativa, debiendo entenderse autorizadas las licencias.
También cuestionó la fundamentación de las decisiones, sosteniendo que la autoridad no habría realizado exámenes ni interconsultas, ni requerido antecedente a sus médicos tratantes.
Como consecuencia del rechazo de las licencias, indicó que la Corporación Municipal efectuó un descuento de $604.385 en su remuneración de diciembre de 2025 y otro de aproximadamente $690.000 en enero de 2026.
A su juicio, los descuentos eran ilegales y arbitrarios, pues se fundaban en actos administrativos que consideraba carentes de validez y habrían sido aplicados sin existir una resolución administrativa o judicial firme que los autorizara.
Por ello, solicitó ordenar el reintegro de las sumas descontadas y disponer que la Corporación se abstuviera de realizar nuevas deducciones mientras no existiera una resolución administrativa o judicial firme que las ordenara o autorizara.
La Corporación Municipal de Desarrollo Social de Iquique pidió rechazar el recurso. Alegó litis pendencia debido a que la funcionaria había presentado anteriormente otra acción de protección relacionada con la recuperación de remuneraciones pagadas durante períodos cubiertos por licencias médicas posteriormente rechazadas.
En subsidio, sostuvo que carecía de legitimación pasiva respecto de los cuestionamientos dirigidos contra las actuaciones de la COMPIN, por tratarse de decisiones adoptadas por la autoridad sanitaria y no por la Corporación.
En cuanto al fondo, explicó que la funcionaria se encuentra sometida al Estatuto de Atención Primaria de Salud Municipal y, supletoriamente, al Estatuto Administrativo Municipal. Conforme a esa normativa, agregó, el pago íntegro de las remuneraciones durante un período de reposo solo corresponde cuando la licencia médica ha sido autorizada.
La recurrida sostuvo que, al haberse rechazado una licencia por incumplimiento del reposo, surgió la obligación de restituir las sumas percibidas durante ese período. Añadió que la reclamación posterior fue desestimada, quedando firme la resolución que rechazó la licencia, por lo que correspondía recuperar los montos pagados.
La Corte de Iquique rechazó el recurso. Recordó que el DS N°3 del Ministerio de Salud permite rechazar o invalidar una licencia médica por incumplimiento del reposo y establece como obligatoria la devolución o reintegro de las remuneraciones o subsidios indebidamente percibidos cuando una licencia no ha sido autorizada, ha sido rechazada o invalidada.
El tribunal tuvo presente que los rechazos de las licencias habían sido confirmados por la COMPIN y que no constaba que la recurrente hubiera reclamado esa decisión ante la Superintendencia de Seguridad Social.
En esas condiciones, concluyó que la actuación de la Corporación Municipal no podía calificarse de ilegal ni arbitraria, pues se ajustaba a la normativa vigente, razón suficiente para rechazar la acción de protección.
La Corte también descartó la litis pendencia alegada por la recurrida. Explicó que la sentencia dictada en la causa anterior se refería a la liquidación de remuneraciones de octubre de 2025, mientras que en el nuevo proceso se habían incorporado antecedentes diferentes, particularmente las resoluciones de la COMPIN que confirmaron el rechazo de las licencias y la constancia de su notificación mediante correo electrónico.
La decisión fue apelada ante la Corte Suprema confirmó el fallo de primer grado.
El máximo tribunal delimitó la controversia a determinar si el empleador se encontraba facultado para efectuar los descuentos una vez que la COMPIN había rechazado la reclamación relativa a las licencias médicas.
Para resolver, consideró el artículo 63 del DS N°3 de 1984 del Ministerio de Salud, que impone al empleador el deber de adoptar las medidas necesarias para obtener el inmediato reintegro de las remuneraciones o subsidios indebidamente percibidos. También tuvo presente el artículo 69 de la Ley N°18.883, que dispone que no pueden percibirse remuneraciones por el tiempo durante el cual no se haya trabajado efectivamente, salvo las excepciones establecidas en esa misma norma.
A partir de una interpretación conjunta de ambas disposiciones, la Corte Suprema concluyó que los descuentos efectuados sobre las remuneraciones de la funcionaria por las licencias médicas rechazadas por la COMPIN fueron correctamente aplicados conforme a la normativa vigente.
El fallo agregó que obtener el reintegro mediante descuentos no constituye únicamente una facultad del organismo administrativo respectivo, sino también una obligación destinada a resguardar el presupuesto de la entidad empleadora. De esta forma, estimó que la Corporación dio cumplimiento al mandato establecido en el artículo 63 del Reglamento sobre Autorización de Licencias Médicas, al adoptar las medidas necesarias para recuperar las sumas pagadas.
En consecuencia, la Corte Suprema determinó que la actuación cuestionada no fue ilegal, pues se ajustó a las normas que regulan la materia, ni arbitraria, ya que los descuentos se efectuaron sobre la base de antecedentes que autorizaban el reintegro en los términos aplicados.
Vea sentencia Corte Suprema Rol N°11.102-2026 y Corte de Iquique Rol N°94-2026 (Protección).
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