Corte Suprema fija límites a la abstención de Contraloría y ordena continuar tramitación de reclamos de funcionarios por confianza legítima

La Corte Suprema revocó la sentencia de la Corte de Apelaciones de Santiago y acogió el recurso de protección deducido por un funcionario en contra de la Contraloría General de la República por abstenerse de emitir pronunciamiento respecto de una consulta vinculada con la confianza legítima en la renovación de su contrata en la Municipalidad de San Joaquín, decisión adoptada mediante un oficio de 12 de noviembre de 2024 que se fundó en un dictamen previo del mismo órgano.

El conflicto se originó luego de que el funcionario recurriera al ente contralor para reclamar por la no renovación de su vínculo a contrata. En respuesta a dicha presentación, la Contraloría comunicó que se abstendría de pronunciarse sobre la materia, señalando que la cuestión relativa a las condiciones bajo las cuales surge la confianza legítima en este tipo de vínculos había devenido en litigiosa, por lo que —conforme a su ley orgánica— no correspondía emitir un pronunciamiento.

El recurrente sostuvo que dicha decisión resultaba ilegal y arbitraria, por cuanto implicaba abstenerse de resolver una materia que se encuentra dentro de las competencias legales del órgano contralor. Expuso que, tras desempeñarse inicialmente a honorarios en la municipalidad y luego bajo la modalidad de contrata, su vínculo funcionarial fue renovado en diversas oportunidades y se mantuvo sin observaciones ni sanciones, hasta que la autoridad municipal resolvió no renovar su nombramiento. Frente a ello, acudió a la Contraloría solicitando un pronunciamiento acerca de la existencia de confianza legítima en la continuidad de su empleo, estimando que la negativa del órgano a emitirlo importaba rehusar el ejercicio de atribuciones que la Constitución y la ley le confieren, vulnerando con ello sus derechos fundamentales, en particular la igualdad ante la ley y la protección de su situación funcionaria.

Al informar, la Contraloría General de la República solicitó el rechazo del recurso, sosteniendo que la actuación impugnada se ajustó plenamente a derecho. Señaló que, mediante el oficio cuestionado, se limitó a aplicar el criterio contenido en un dictamen de noviembre de 2024, en el cual se determinó que la cuestión relativa a la confianza legítima en materia de contratas había devenido en litigiosa, por lo que correspondía abstenerse de emitir pronunciamiento conforme a lo dispuesto en el artículo 6° de su ley orgánica. En esa línea, indicó que la acción de protección no resulta la vía idónea para cuestionar la interpretación y alcance de dicha disposición ni para obligar al órgano contralor a emitir un pronunciamiento sobre el fondo del asunto, agregando que no se configuraba ilegalidad ni arbitrariedad alguna en su actuación, ni tampoco vulneración de los derechos fundamentales invocados por el recurrente.

La Corte de Santiago rechazó el recurso de protección, al estimar que la actuación del órgano contralor no configuraba un acto ilegal ni arbitrario susceptible de ser corregido mediante esta acción cautelar. Para el tribunal, lo pretendido por el recurrente excedía el ámbito propio del recurso de protección, pues implicaba que la judicatura se pronunciara sobre el contenido y alcance de un dictamen emitido por la Contraloría en ejercicio de las facultades que le confiere su ley orgánica. En ese sentido, razonó que la acción constitucional tiene una finalidad estrictamente tutelar respecto de derechos indubitados y no constituye una instancia declarativa destinada a resolver controversias jurídicas de carácter abstracto. Por ello, al no advertirse una actuación contraria a derecho en la emisión del pronunciamiento administrativo cuestionado, concluyó que el recurso debía ser rechazado.

En contra de la sentencia de primer grado, el recurrente interpuso recurso de apelación.

La Corte Suprema, tras revisar los antecedentes, comenzó por recordar que la Constitución encomienda a la Contraloría General de la República el control de la legalidad de los actos de la Administración del Estado, además de las demás funciones que le asigna su ley orgánica constitucional. En ese contexto, destacó que dicho organismo cumple un rol esencial dentro del sistema de control administrativo, al ejercer una función de fiscalización jurídica destinada a asegurar que las actuaciones de los órganos públicos se ajusten a derecho, lo que incluye la emisión de pronunciamientos sobre materias vinculadas con la situación jurídica de los funcionarios públicos.

En esa línea, el máximo Tribunal enfatizó que la normativa estatutaria reconoce expresamente a los funcionarios públicos el derecho a reclamar ante la Contraloría General de la República cuando se produzcan vicios de legalidad que afecten los derechos que les confieren los estatutos administrativos. De este modo, explicó que el legislador ha previsto un mecanismo específico para que los servidores públicos puedan acudir ante dicho órgano de control con el objeto de obtener un pronunciamiento administrativo acerca de la legalidad de las actuaciones que inciden en su situación funcionaria, particularmente en materias relativas a sus derechos y obligaciones dentro de la Administración.

Asimismo, la sentencia precisó que la controversia se originó a partir de la presentación formulada por el funcionario ante la Contraloría, mediante la cual solicitó un pronunciamiento respecto de la decisión municipal de no renovar su contrata y de la eventual configuración del principio de confianza legítima en la continuidad de su vínculo funcionarial. Frente a dicha solicitud, el órgano contralor optó por abstenerse de emitir pronunciamiento sobre el fondo de la consulta, invocando un criterio administrativo conforme al cual esta materia habría devenido en litigiosa, lo que —a su juicio— impedía su intervención.

Al abordar el contexto jurídico del asunto, el máximo Tribunal recordó que en materia de funcionarios a contrata se ha desarrollado una amplia línea jurisprudencial tanto en sede administrativa como judicial relativa al principio de confianza legítima. Conforme a esta doctrina, la reiterada renovación de los nombramientos de funcionarios a contrata puede generar en ellos una expectativa razonable de continuidad en el empleo público, circunstancia que se traduce en una forma de estabilidad relativa en el cargo y que limita la posibilidad de poner término a la relación funcionaria sin que concurran determinadas causales previstas por el ordenamiento jurídico.

No obstante, la Corte Suprema advirtió que existen diferencias entre la jurisprudencia administrativa de la Contraloría y la jurisprudencia judicial en cuanto a los requisitos para que dicha expectativa se configure. Mientras el criterio administrativo ha sostenido que la confianza legítima surge desde la segunda renovación del vínculo a contrata, la jurisprudencia del propio tribunal ha exigido un estándar más estricto, señalando que se requiere un número de cinco renovaciones consecutivas para que pueda entenderse consolidada una expectativa legítima de continuidad en el empleo público.

A continuación, el máximo Tribunal examinó el fundamento invocado por la Contraloría para abstenerse de emitir pronunciamiento, consistente en la aplicación de la regla contenida en su ley orgánica que le impide intervenir o informar en asuntos que sean propiamente de carácter litigioso o que se encuentren sometidos al conocimiento de los tribunales de justicia. Sobre este punto, explicó que dicha prohibición debe interpretarse de manera restrictiva, pues su finalidad es evitar la interferencia del órgano contralor en materias cuya resolución esté entregada por la ley de manera exclusiva a los tribunales, lo que no ocurre en el ámbito de las reclamaciones administrativas formuladas por funcionarios públicos.

Finalmente, la Corte Suprema sostuvo que no es posible calificar como “propiamente litigiosas” las reclamaciones que los funcionarios formulan ante la Contraloría en relación con su situación estatutaria, pues en esta materia existen competencias concurrentes entre la jurisdicción y el órgano contralor para pronunciarse sobre los derechos de los servidores públicos. En ese contexto, razonó que admitir que la Contraloría pueda abstenerse de conocer este tipo de presentaciones implicaría permitir que el propio órgano se sustraiga del ejercicio de atribuciones que le han sido conferidas por la Constitución y la ley, desconociendo el principio de juridicidad y el carácter irrenunciable de las potestades públicas que rigen la actuación de los órganos del Estado.

En mérito de lo expuesto, el máximo Tribunal revocó la sentencia de alzada y acogió el recurso de protección, disponiendo dejar sin efecto el oficio de 12 de noviembre de 2024 mediante el cual la Contraloría General de la República se había abstenido de emitir pronunciamiento respecto de la consulta formulada por el funcionario, ordenando al órgano contralor proseguir la tramitación del procedimiento administrativo iniciado a raíz de su presentación y resolverlo conforme a derecho.

Se dejó constancia que la ministra señora López y la abogada integrante señora Etcheberry, luego de un nuevo estudio de los antecedentes, cambian el criterio manifestado sobre la materia en pronunciamientos anteriores, en virtud de los argumentos que se consignaron en el fallo.

Vea sentencia Corte Suprema Rol N°18822-2025 y Corte de Santiago Rol N°26245-2024 (Protección).