Desafíos prácticos del registro de asistencia biométrico en el sector público bajo la Ley N° 21.719 y el Oficio 123145/2025 de la Contraloría General de la República

Hace unos días, se me compartió un interesante artículo del profesor Carlos Reusser Monsálvez, quien con alta precisión técnica plantea una interesante problemática que atañe a los controles de asistencia de trabajadores del sector público y privado que se valen de datos biométricos para validar la asistencia y cumplimiento efectivo de la jornada laboral, sistemas que, con la entrada en vigencia de la Ley N°21.719 pudieran ser objeto de cuestionamiento.

Particularmente, la digitalización y modernización de los procedimientos administrativos en la gestión pública ha avanzado con fuerza en los últimos años, impulsada principalmente por la necesidad de dotar de mayor eficacia y transparencia las labores del Estado. No obstante, la promulgación de la Ley N° 21.719 —cuerpo normativo que entra en vigencia el 01 de diciembre de 2026—establece nuevos y más rigurosos estándares en el tratamiento de datos personales y crea la Agencia de Protección de Datos Personales.

Paralelo a ello, recientemente la Contraloría General de la República ha emitido su Oficio N° 123145/2025 que instruye la implantación de sistemas automatizados y biométricos para el control de asistencia de los órganos públicos y demás entidades sujetas a su fiscalización, a partir de lo cual pudiera decantarse en el mediano plazo, un escenario de interpretaciones potencialmente contradictorias que exijan un análisis exhaustivo.

I. El Oficio N° 123145/2025 de Contraloría: control automatizado y deber de eficiencia

Como se adelantó, el recién pasado 22 de julio de 2025, la CGR emitió su Oficio N° 123145/2025 impartiendo instrucciones a los órganos de la Administración del Estado respecto de la actualización de sus sistemas de control de asistencia. En dicho pronunciamiento, el Ente Contralor parte de constatar que los sistemas manuales —como libros físicos de asistencia— presentan serias falencias de confiabilidad y trazabilidad, afectando con ello la probidad administrativa y el correcto uso de recursos fiscales asociados a remuneraciones. En este marco, se instruye derechamente el reemplazo de estos métodos por mecanismos automatizados que garanticen la veracidad e integridad de los registros, mencionando expresamente como opciones válidas los sistemas biométricos de huella digital o reconocimiento facial.

El fundamento de esta instrucción descansa en los principios de eficacia, eficiencia y servicialidad del Estado (art. 3° y 5° de la Ley N° 18.575), así como en el deber de las jefaturas de ejercer un control jerárquico permanente sobre el personal. Se reconoce, además, la falta de una norma legal expresa que regule de forma uniforme el control de jornada en el sector público, lo que habilitaría a cada órgano para definir el mecanismo que estime más idóneo, con resguardo del principio de igualdad ante la ley.

Con todo, la instrucción de CGR nada refiere respecto a que la implantación de dichos sistemas deba efectuarse mediando el consentimiento individual de los funcionarios, haciendo descansar esta instrucción en el marco de la relación estatutaria y los principios mencionados en el párrafo anterior.

II. El nuevo estándar legal: la Ley N° 21.719 y la protección de datos biométricos

La Ley N° 21.719, publicada en diciembre de 2024 y que entrará en vigencia el 1 de diciembre de 2026, establece un régimen robusto de protección de datos personales, dotando al país por primera vez de una autoridad administrativa especializada en la materia: la Agencia de Protección de Datos Personales. Esta ley asimila los estándares del Reglamento General de Protección de Datos (GDPR) de la Unión Europea, y establece una regulación particularmente exigente respecto de los denominados “datos personales sensibles”, dentro de los cuales se encuentran aquellos recabados mediante sistemas biométricos que permiten identificar de manera unívoca a una persona.

En términos generales, la ley consagra:

• La regla general de consentimiento expreso e informado del titular para el tratamiento de datos sensibles, salvo excepciones legales estrictas;

• Los principios de finalidad, minimización, proporcionalidad y seguridad en el tratamiento de datos;

• Derechos reforzados para los titulares (acceso, rectificación, supresión, oposición, portabilidad, entre otros);

• Obligaciones de responsabilidad activa para los responsables del tratamiento, incluyendo evaluación de impacto y medidas de resguardo.

En el caso de los órganos públicos, la ley permite prescindir del consentimiento del titular solo si el tratamiento es estrictamente necesario para el cumplimiento de una función legalmente conferida al órgano respectivo, lo que -en principio- no se satisface con meras instrucciones administrativas.

III. ¿Puede el Estado exigir el uso de biometría sin consentimiento?

La pregunta crucial que se plantea es si CGR, en virtud de su rol fiscalizador e interprete vinculante para la Administración, puede instruir la implementación obligatoria de sistemas de control de asistencia basados en datos biométricos sin infringir las garantías consagradas en la Ley N° 21.719.

Este dilema puede ser descompuesto en tres elementos jurídicos:

1.- La exigencia de base legal específica: El artículo 16 y siguientes de la Ley N° 21.719 es claro en señalar que el tratamiento de datos sensibles, como la biometría, solo puede realizarse sin consentimiento del titular, si y sólo si, ciertas condiciones descritas expresamente en la misma ley se verifican. En este caso, el fundamento invocado hoy por la CGR (en todo caso, sin la ley aún vigente) es una interpretación de cuerpos legales que aplican al sector público al amparo y ejercicio de su facultad de interprete vinculante para con los órganos bajo su fiscalización, lo que podría ser considerado como una potestad normativa-administrativa superpuesta sobre un mandato legal.

2.- El principio de proporcionalidad: Conforme al principio de minimización de datos, la utilización de mecanismos de control intrusivos, como la biometría, requiere acreditar que no existen alternativas menos invasivas igualmente eficaces. No basta con señalar la mayor eficacia tecnológica; se exige una evaluación ex ante que justifique técnica y jurídicamente por qué otros métodos, como tarjetas electrónicas o software de georreferencia, resultarían menos idóneos.

3.- La tensión de jerarquías normativas: Si bien el Oficio de Contraloría, como ya se ha venido indicando, tiene fuerza vinculante para la administración, carece de rango legal. Pretender fundamentar mediante un dictamen del Ente Fiscalizador el levantamiento de una garantía legal —como el consentimiento— podría resultar jurídicamente cuestionable. En efecto, en el nuevo régimen, los funcionarios públicos no pierden su calidad de titulares de derechos, incluso en el marco de relaciones estatutarias.

IV. Lo que viene: fiscalización futura y riesgos de conflicto

El escenario descrito anticipa no solo una tensión teórica que pudiera acompañar los cafés de los profesionales del foro, sino la probabilidad cierta de conflictos prácticos entre entidades fiscalizadoras. Por un lado, la CGR requiere la implantación de sistemas biométricos como exigencia de probidad; por otro, la Agencia de Protección de Datos podría estimar tales mecanismos ilegítimos si no cumplen con los estándares de necesidad, legalidad y proporcionalidad.

Más aún, perfectamente algún titular de datos personales que, a su entender, pudiera considerarse afectado al amparo de la nueva normativa, pudiera accionar en el plano judicial.

Desde la óptica del derecho público, no cabe duda de que el control de la asistencia de los funcionarios y servidores del Estado es un fin legítimo de la Administración, dado los bienes jurídicos en juego: fe pública y patrimonio fiscal, por lo que su modernización tecnológica es deseable y necesaria. Sin embargo, ello no puede hacerse en desmedro del principio de juridicidad ni de los derechos fundamentales de las personas.

El contexto actual no resulta baladí, advirtiéndose que Contraloría General ha estremecido el avispero con los procesos de auditoría al mal uso de licencias médicas por parte de funcionarios públicos, y ahora, encendiendo alertas relativas al cumplimiento efectivo de la jornada de trabajo y los controles horarios.

Sin perjuicio de ello, es preciso señalar que la utilización de biometría para el control de asistencia no debe ser estimada “per se” ilegítima, pero sí requiere una base legal expresa o, al menos, una justificación técnica robusta que demuestre su necesidad y proporcionalidad.

Así, las instrucciones de CGR deben interpretarse correctamente considerando el marco de la nueva ley, alineadas a dicho escenario y no en contraposición al mismo, por lo que una futura coordinación entre CGR y la Agencia de Protección de Datos será indispensable para evitar criterios contradictorios que comprometan la seguridad jurídica, tal como hace algunos años aconteció con el Consejo Para la Transparencia y la entrada en vigor de la ley N°20.285. (Santiago, 24 de julio de 2025)